O Curso de Teologia da Faculdade de Filosofia e Teologia Paulo VI teve sua autorização aprovada pelo Ministério da Educação, por meio da Portaria MEC 666, de 17 de março de 2004, publicada no DOU no dia 18 de março de 2004 e foi reconhecido por meio da Portaria nº 898, de 19 de novembro de 2008, publicada no DOU em 20 de novembro de 2008.
O Ministério da Educação, por meio desta Portaria, autorizou o funcionamento do Curso de Teologia, bacharelado, com 100 (cem) vagas totais anuais, nos turnos diurno e noturno, a ser ministrado pela Faculdade de Filosofia e Teologia Paulo VI.
O primeiro Processo Seletivo ocorreu no final do ano de 2004 para ingresso no 1º semestre letivo de 2005, quando as atividades do curso tiveram início.