O Curso de Filosofia da Faculdade Paulo VI teve sua autorização aprovada pelo Ministério da Educação, por meio da Portaria MEC 1.057, de 29 de abril de 2004, publicada no DOU no dia 03 de maio de 2004, e foi reconhecido por meio da Portaria nº 77, de 25 de janeiro de 2010, publicada no DOU em 26 de janeiro de 2010.
O Ministério da Educação autorizou o funcionamento do Curso de Filosofia, bacharelado, com 100 (cem) vagas totais anuais, nos turnos diurno e noturno, a ser ministrado pela Faculdade de Filosofia e Teologia Paulo VI, e da modalidade licenciatura, a ser ministrado no âmbito do Instituto Superior de Educação da Faculdade.
O primeiro Processo Seletivo ocorreu no final do ano de 2004 para ingresso no 1º semestre letivo de 2005, quando as atividades do curso tiveram início.